Гюльшен Пашаева окончила Московский Государственный Университет им. М.В.Ломоносова по специальности «Структурная и прикладная лингвистика» в 1983 году. В 1983-2001 гг. она работала старшим лаборантом, преподавателем, старшим преподавателем и доцентом кафедры «Общего языкознания» Филологического факультета Бакинского Государственного Университета. После окончания очной аспирантуры этого университета и защитив кандидатскую диссертацию, Г.Пашаева в 1990 году получила ученую степень кандидата филологических наук по специальности «Теория языкознания».

С августа по декабрь 1995 года Г.Пашаева участвовала в международной программе «Партнеры в конфликте: наведение мостов к миру в Закавказье», реализуемой Центром международного развития и управления конфликтами (CIDCM) Университета Мэриленда в Колледж-Парке (США). По возвращении в Азербайджан, она основала НПО «Центр по исследованию конфликтов» в 1996 году и возглавляла его до 2001 года. Г.Пашаева также вела курсы «Региональные конфликты», «Переговорный процесс» и «Посредничество» в государственных и частных университетах Азербайджана. В 1998-1999 годах в течении 6 месяцев она провела постдокторское исследование, посвященное технике разрешения конфликтов и переговорному процессу, во Флетчерской школе права и дипломатии Университета Тафтс (США) как стипендиат программы Фулбрайта.

В 2001-2006 гг. Г.Пашаева была Национальным координатором по Азербайджану в региональном проекте «Женщины за предотвращение конфликтов и строительство мира на Южном Кавказе» Женского фонда развития ООН (ныне «ООН-Женщины»), а также являлась ответственным сотрудником азербайджанского офиса Департамента общественной информации ООН в 2007-2009 гг.

С июля 2009 года Г.Пашаева занимала должность начальника отдела Анализа вопросов внешней политики Центра стратегических исследований при Президенте Азербайджанской Республики и была назначена заместителем директора этого центра в январе 2011 года. С июля 2018 года Г.Пашаева работала на должности старшего консультанта в Администрации Президента Азербайджанской Республики. В декабре 2019 года распоряжением Президента Азербайджанской Республики она была назначена членом правления Центра анализа международных отношений (AIR Center).

Доктор Гюльшен Пашаева специализируется в области разрешения конфликтов, исследования безопасности, гендерных вопросов и языковой политики. В 1996-2022 гг. она участвовала в более чем 120 конференциях, семинарах и тренингах, организованных в различных странах. Г.Пашаева является автором более ста публикаций, а также соредактором трех книг, две из которых опубликованы за рубежом (“The EU Eastern Partnership: Common framework or Wider Opportunity?” (2012), “Cooperation in Eurasia: Linking Identity, Security, and Development” (2016) и “Trapped between War and Peace: The Case of Nagorno-Karabakh”  (2017)).

За плодотворное участие в общественно-политической жизни страны распоряжением Президента Азербайджанской Республики от 10 ноября 2017 года Г.Пашаева была награждена медалью «Tereqqi» («Прогресс»).